Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion merupakan unsur pendukung pelaksanaan tugas Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan melalui Sekretaris Jenderal.
Berdasarkan Peraturan Menteri LHK Nomor 15 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian LHK, Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion mempunyai tugas melaksanakan pengendalian pembangunan lingkungan hidup dan kehutanan di wilayah ekoregion. Untuk melaksanakan tugas, Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion menyelenggarakan fungsi:
Mempunyai tugas melaksanakan penyiapan koordinasi, penyusunan, pelaksanaan dan evaluasi rencana dan program, verifikasi pelaksanaan program lingkungan hidup dan kehutanan, kerjasama, pengelolaan urusan tata usaha, pengelolaan keuangan, kepegawaian, sistem pengawasan intern,reformasi birokrasi, pengelolaan data dan informasi, hubungan masyarakat, dan pengelolaan barang milik negara serta pelaporan kinerja, rumah tangga, kearsipan dan dokumentasi.
Mempunyai tugas melaksanakan penyiapan penyusunan kebijakan teknis dan koordinasi perencanaan pengendalian pembangunan lingkungan hidup dan kehutanan di wilayah ekoregion. Untuk melaksanakan tugas, Bidang Koordinasi Perencanaan Pengendalian Pembangunan Ekoregion menyelenggarakan fungsi:
Mempunyai tugas melaksanakan fasilitasi penerapan pengendalian pencemaran dan kerusakan lingkungan, pengelolaan sampah, limbah, dan bahan berbahaya dan beracun di wilayah ekoregion. Untuk melaksanakan tugas, Bidang Fasilitasi Pengendalian Pembangunan Ekoregion menyelenggarakan fungsi:
Mempunyai tugas melaksanakan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan pengendalian pembangunan lingkungan hidup dan kehutanan di wilayah ekoregion. Untuk melaksanakan tugas, Bidang Evaluasi Pengendalian Pembangunan Ekoregion menyelenggarakan fungsi: