Polemik terkait pengelolaan sampah di Kawasan Titik Nol IKN hingga saat ini menjadi sorotan publik, tanggal 22 Mei 2022 atas instruksi langsung Ibu Menteri KLHK, P3E Kalimantan ditunjuk untuk segera menindak lanjuti permasalahan terkait sampah di Kawasan Titik Nol IKN ini. Aksi nyata dilakukan pada tanggal 23 Mei 2022, Kepala P3E Kalimantan beserta jajarannya melaksanakan kegiatan yang di bagi menjadi 2 tim yaitu Tim pertama melakukan Koordinasi dengan Kecamatan Sepaku dan Tim kedua melakukan pengambilan dan pengumpulan sampah di Kawasan Titik Nol IKN.
Kepala Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion Kalimantan Dr. Mini Farida, S.T., M.Si didampingi oleh Kepala Bidang Fasilitasi Pengendalian Pembangunan Ekoregion Rahmadewi S.Si,M.E, melakukan rapat koordinasi yang bertempat di Kantor Kecamatan Sepaku dihadiri oleh sekretaris kecamatan Adi Kustaman, S.Sos., M.H., Balai GAKKUM LHK, BJPN Kementerian PUPR, PT. Itchi Hutani Manunggal, Polsek Sepaku terkait pengelolaan sampah di Kawasan Titik Nol Ibu Kota Negara.
Permasalahan yang selama ini terjadi dilapangan yaitu pengunjung dan atau pelaksana kegiatan di Kawasan Titik Nol IKN belum sepenuhnya membuang sampah pada tempatnya dengan melakukan pemilahan sampah tersebut dan juga belum tersedianya Tempat Pembuangan Sampah (TPS) untuk penampungan sampah yang dikumpulkan dari Kawasan titik nol IKN.
Oleh karena itu, hasil dari rapat koordinasi pengelolaan sampah tersebut adalah menyepakati beberapa hal penting diantaranya P3E Kalimantan akan mendampingi pembentukan BSU (Bank Sampah Unit) di Kecamatan Sepaku, pengunjung diarahkan untuk melakukan pemilahan sampah, pengawasan dan himbauan kepada pengunjung dalam upaya menjaga kebersihan dan juga penyediaan sarana dan prasarana guna mendukung Kawasan titik nol IKN tersebut menjadi kawasan bebas sampah.
Dari aksi bersih sampah di lapangan diketahui sampah yang mendominasi adalah 90% sampah plastik, berasal dari para pengunjung saat datang ke Kawasan Titik Nol IKN, sampah plastik tersebut terdiri dari sampah Air Minum Dalam Kemasan (botol plastik, gelas plastik) alat makan plastik, sampah makanan ringan, sampah pospak bayi dan sisanya sampah sejenis kertas (kotak makanan, kardus).
Pada hari yang sama telah di angkut kurang lebih 170 kg sampah dari Kawasan Titik Nol IKN, diprediksi per hari kunjungan yang datang sekitar 1000 orang, sedangkan di akhir pekan atau hari libur nasional bisa sampai 3000 orang. Diharapkan pengelolaan sampah dapat dikembangkan secara terintegrasi dan disesuaikan dengan kebutuhan untuk mendukung pertumbuhan KSN (Kawasan Strategis Nasional) Ibu Kota Nusantara, Selain itu juga diharapkan semua pengunjung bisa mematuhi himbauan untuk membuang sampah yang telah di pilah pada tempatnya supaya bisa tertib dan bebas dari sampah.
